故事发生在从10年前发生了的“同时多发无气力症”的灾难中恢复的未来型新兴城市"绫风市"。相隔10年之久，高中生神乡慎与弟弟洵在绫风市遇到了担任绫风市警察署长的哥哥谅。 而这个时候，在绫风市正发生了各种各样的怪异事件。作为警察署长的神乡谅一直在追查着潜藏在这一连串怪异事件背后的神秘组织。而被卷入某件事件的神乡慎“persona”能力和形态觉醒过来。兄弟们的命运的齿轮现在开始转动……。
在本季《超级飞侠》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
