圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。而为了得到圣杯的仪式就被称为圣杯战争。 参加圣杯战争的7名由圣杯选出的魔术师被称为Master，与7名被称为Servant的使魔订定契约。他们是由圣杯选择的七位英灵，被分为七个职阶，以使魔的身份被召唤出来。能获得圣杯的只有一组，这7组人马各自为了成为最后的那一组而互相残杀。 卫宫切嗣的养子卫宫士郎，偶然地与servant中的剑士Saber（セイバー）订定契约，被卷入圣杯战争当中...
经过艰苦鏖战，星矢、紫龙等人终于打败包括三巨头在内的108冥斗士，凭借12黄金圣斗士的力量和沾染女神献血复活的圣衣的加护，星矢等人最终冲过叹息之墙和异次元空间，一辉也在潘多拉的帮助下随后抵达冥王哈迪斯盘踞的所在——极乐净土。 这是一片至高无上的天堂，没有饥饿、战争和痛苦，只有死后被神选中的人才能达到这里。他们的到来惊动了守护哈迪斯的两位神明——死神达拿都斯和睡神休普诺斯。他们的神力极为强大，纵使曾无数次保护过青铜圣斗士的黄金圣衣在他们的面前也薄如脆纸。绝望之际，圣衣的力量再次苏醒，进化成只有神灵才能拥有的神圣衣。神与神的战争再次升级，人类的命运将会如何？
