《咕噜咕噜魔法阵》讲述了一个这样的故事：在吉姆吉姆大陆上的一个小村庄吉米拉村，有一天，国王颁布了勇者召集令悬赏，如果有人能够消灭魔王将会得到五万R并且能够成为哥达国的王子。仁杰的父亲发现了召集令，为此训练他的儿子、强迫儿子成为勇者踏上旅程。吉米拉村有着旅行前不得不去拜访 魔法婆婆的规则，按照这个规则，仁杰到达了魔法婆婆的家，勇者被命令和能够使用咕噜咕噜魔法的米古米古族人歌莉一起踏上旅程。然后被国王认同是勇者的仁杰以打倒企图征服世界的魔王纪力而和歌莉开始了旅程。
经过艰苦鏖战，星矢、紫龙等人终于打败包括三巨头在内的108冥斗士，凭借12黄金圣斗士的力量和沾染女神献血复活的圣衣的加护，星矢等人最终冲过叹息之墙和异次元空间，一辉也在潘多拉的帮助下随后抵达冥王哈迪斯盘踞的所在——极乐净土。 这是一片至高无上的天堂，没有饥饿、战争和痛苦，只有死后被神选中的人才能达到这里。他们的到来惊动了守护哈迪斯的两位神明——死神达拿都斯和睡神休普诺斯。他们的神力极为强大，纵使曾无数次保护过青铜圣斗士的黄金圣衣在他们的面前也薄如脆纸。绝望之际，圣衣的力量再次苏醒，进化成只有神灵才能拥有的神圣衣。神与神的战争再次升级，人类的命运将会如何？
