巴哈旺大饭店

　　一起发生于丰后关前藩的意外，让磐音失去了两个发小。伤心的磐音决意离开家乡，于是告别了未婚妻奈绪，成为了一名漂泊无主的武士。磐音在江户的一间长屋中开始了自己的新生活，经屋主金兵卫的介绍，磐音白天在鳗鱼店做伙计，晚上在当铺老板今津的屋里做保镖。他温柔的秉性和出色的剑道慢慢赢得了周围人的信任，也虏获了金卫兵女儿的芳心。就在这时，磐音却被卷入了幕府流通的新货币阴谋之中。为了保护在江户遇到的这些重要之人，磐音必须将哀痛搁置心中，与恶势力进行对抗。

　　知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。
　　令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。

　　元军攻打日本之际，中国大陆的妖怪为了得到死者魂魄亦东渡日本。在这里，他们遭遇了犬夜叉的父亲斗牙王。经过一番艰苦鏖战，大陆妖怪最终被封印在斗牙王的牙齿中。
　　时间回到战国时代，四魂之玉的一枚碎片飞到不归之森，唤醒了大陆妖怪首领之子玛瑙丸。为了解开被斗牙王牙齿所封印的力量，玛瑙丸派随从琉璃、玻璃将犬夜叉一行人引到不归之森，并诱使犬夜叉用铁碎牙斩断结界。结界消失，被封印上百年的力量开始复活，玛瑙丸变得愈加强大。与此同时，玻璃和琉璃分别夺去了珊瑚的云母和法师的风穴，使犬夜叉一方陷入苦战；另一方面，戈薇的意识被玛瑙丸控制，她迫不得已用箭再次将犬夜叉封印，之后更被桔梗推入枯井，穿越时空回到了现代……