1989年,日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年,DIO复活了。同时,乔瑟夫的孙子,空条承太郎发现自己有幽波纹(替身)能力,DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲,陷入病危情况;为了拯救命在旦夕的母亲,承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
夏季庆典结束后,打烊了的学生们有一个E班的学生来到他们身边。第二天,在开班仪式上的讲台上竹林突然做出了与E组一起度过的4个多月如同地狱的样子。在知道竹林超过E组加入A组的E组学生试图说服他……。