这部动画片讲述了剪刀、石头、布这三个孩子在大千世界中寻求知识的生动的、有趣的故事。在内容上选取了自然科学、社会科学、人文科学等多个领域中在现代科技发展上的热门话题，以生动有趣的故事为叙事平台，通过较为直观的科学试验和科学原理的介绍，使知识的传授不再是僵硬死板的灌输，而成为轻松活泼的游戏和娱乐。除了这三个主要人物之外，该片还有科学家、动画导演、欧洲妇人以及大象、刺猬、山羊、企鹅、海中鱼类等众多造型。由于每一集内容的不同，因而每一集都会有许多新的造型出现。..
在本季《超级飞侠》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
不断增长的人口和不断恶化的环境让人类不得不开始考虑起了他们的未来，就这样，“火星地球化”的计划被提上了日程，人们通过向火星地表投放藻类和蟑螂使其颜色变深，如此一来便可吸收阳光提高气温。之后，BUGS1号搭载着六名宇航员，踏上了前往火星的旅程，目的在于生物样本的采集和运送。 令六人以及全人类没有想到的是，火星上特殊的气候令生活在其中的蟑螂发生了变异，它们不仅异化拥有了人类的体魄，还产生了极强的攻击性和战斗能力，几乎是在瞬间，六人全军覆没。幸运的是，一只蟑螂的头部样本被传送回了地球，科学家们研究后决定称其为“火星异种”。出乎所有人意料的是，这种可怕的生物在未来，竟然成为了拯救人类的唯一希望。
在充满音乐风情的城市－加音町成长的青梅竹马北条响和南野奏，虽然升上国中后的二人个性总是不合，但却因着相同的兴趣“音乐”而有了连结。某天响与奏正巧在旧歌剧院撞见时，音乐王国“大调岛”的精灵－哈咪出现了，为了不让“小调岛”的敌人继续将传说的乐谱中“幸福的旋律”变成“不幸的旋律”音符，所以找寻能够以“高音谱记号”变身为光之美少女的响与奏。以二人合而为一的正义之心，一齐找寻飞散到人间的旋律音符，和小调岛的敌人来场音符抢夺战！
