这是一部经典的美国的动画片。一天，一家工厂泄漏的有毒化学物质流到了纽约市的地下水道，这些化学物质令到四只平凡的小海龟发生了基因突变，变成了像人一样能站立行走的人形海龟，他们分别是米开朗基罗、达芬奇、拉斐尔和多纳泰罗，而一位忍术了得的日本忍者斯普林特也因为接触到这些物质而 变成了一只人形的老鼠。海龟们拜斯普林特为师傅，学习忍术和功夫，并在电视台记者范宝儿和爱玛的帮助下，与住在地层地下企图统治世界的克朗和他爪牙施莱德展开了一场又一场斗争。
夏季庆典结束后，打烊了的学生们有一个E班的学生来到他们身边。第二天，在开班仪式上的讲台上竹林突然做出了与E组一起度过的4个多月如同地狱的样子。在知道竹林超过E组加入A组的E组学生试图说服他……。
