450年前，企图称霸宇宙的哈迪斯大帝战败而被幻神星人娜伦用史特拉石碑阵封印。 450年后的现代，为了复活哈迪斯，其手下佐拉博士派遣机动骑士与宇宙巨兽攻击地球。幸运的是，在此同时，幻星神兽雷零守亦因此苏醒，而原来平凡的高中生伊达翔太、真田由加以及就读京南大学的平贺真也，受到召唤化身成为幻星神战士，负责保护地球这一神圣使命。 一场星际战争，让人类文明在遥远的星球上开花结果。 一个战乱纷飞的年代，涌现出无数的英雄人物， 让“勇气”、“智慧”、“仁爱”三个力量拯救地球！
在充满音乐风情的城市－加音町成长的青梅竹马北条响和南野奏，虽然升上国中后的二人个性总是不合，但却因着相同的兴趣“音乐”而有了连结。某天响与奏正巧在旧歌剧院撞见时，音乐王国“大调岛”的精灵－哈咪出现了，为了不让“小调岛”的敌人继续将传说的乐谱中“幸福的旋律”变成“不幸的旋律”音符，所以找寻能够以“高音谱记号”变身为光之美少女的响与奏。以二人合而为一的正义之心，一齐找寻飞散到人间的旋律音符，和小调岛的敌人来场音符抢夺战！
“超”音速的索尼克（本·施瓦茨 Ben Schwartz 配音）与“超”呆萌的塔尔斯（科琳·欧肖内希 Colleen O'Shaughnessey 配音）和“超”强壮的纳克鲁斯（伊德里斯·艾尔巴 Idris Elba 配音），三人小队再次踏上欢乐冒险！这一次他们将面对前所未有的劲敌——夏特（基努·里维斯 Keanu Reeves 配音），然而索尼克小队与强大的夏特实力相差悬殊，为了解决这个棘手的神秘敌人，索尼克找到了老对手蛋头博士（金·凯瑞 Jim Carrey 饰）联手阻止夏特，关于夏特的秘密也逐渐浮出水面，这场危机背后还有更狡猾的黑手。索尼克小队能否团结一致击败夏特并拯救世界？
