石距危机解除后，SSR班迎来了新伙伴，显得更加热闹了起来。而此时适逢百鬼幼儿园举办的春日祭，玉藻前和妖刀姬摆摊卖起了章鱼丸，阎魔、判官和小黑小白兄弟搭起了鬼屋，然而全校最红火的当属SR班的弈同学，他开的竞猜让全校师生输光了小妖怪却又欲罢不能。但在此时，有个饥寒交迫的身影倒在了校门口，发现情况的同学们都热心的对他伸出援手，可是这个孩子出现后发生的种种事件，为他的身世带来了重重的谜团......
在“TokyoExplosion”的未知灾难背后，有一名暗中活跃的契约者——代号“黑”，被称为黑色死神的男人。制造了与“组织”敌对的事件，黑和他的同伴，身为DOLL的银一起踏上了逃亡之路。他们一边击退组织派来的刺客，一边向南方前进。在漫无尽头孤独的逃亡旅程中，两人可以信赖依靠的，只剩下彼此而已…… 夏日的阳光下，黑和银寻得了片刻的休憩。但是，幸福的时间并未长久，深重冷酷的黑暗已悄悄迫近。本是失去自我的DOLL的银在与黑共处的日子里，渐渐开始表现出自己独立的意志。对银的变化感到困惑焦躁的黑，却并不明白这意味着怎样的事实 对于发生着变化的自己，银也非常苦恼。想和黑在一起，但是这样下去的话……以银为目标的狙击者出现，新的斗争也被点燃。命运的选择再次降临到黑的头上。几乎把两人之间的羁绊撕裂的悲剧的序幕，正悄无声息的开始上演……
