故事依旧围绕斗龙战士的冒险、友爱、热血的战斗精神展开叙述，通过宝贝龙拍档和原始恐龙之间的经历和磨炼，以及斗龙战士之间的情感变化，多角度的弘扬斗龙精神，让孩子们体会成长中遇到的挫折和变化，让人类向原始恐龙学习来自原始恐龙世界的美德，共同为创建人类更美好的未来而努力。
经过艰苦鏖战，星矢、紫龙等人终于打败包括三巨头在内的108冥斗士，凭借12黄金圣斗士的力量和沾染女神献血复活的圣衣的加护，星矢等人最终冲过叹息之墙和异次元空间，一辉也在潘多拉的帮助下随后抵达冥王哈迪斯盘踞的所在——极乐净土。 这是一片至高无上的天堂，没有饥饿、战争和痛苦，只有死后被神选中的人才能达到这里。他们的到来惊动了守护哈迪斯的两位神明——死神达拿都斯和睡神休普诺斯。他们的神力极为强大，纵使曾无数次保护过青铜圣斗士的黄金圣衣在他们的面前也薄如脆纸。绝望之际，圣衣的力量再次苏醒，进化成只有神灵才能拥有的神圣衣。神与神的战争再次升级，人类的命运将会如何？
