自世界各地出现连接异次元与现实世界的通路「传送门」,已过了十多年。觉醒了特殊能力,被称为「猎人」的人们,与存在于传送门里地下城内的魔兽不断厮杀。猎人的能力在觉醒后就不再有成长空间,其等级也不会再有变化。然而,被称作是人类最弱兵器的程肖宇,在一次双重地下城的突击任务中得到了只有自己能够「升级」的能力,得以在战斗中不断变强。顺利通过转职任务,得到能操纵暗影士兵的职业「暗影君主」的肖宇,为了取得或许能医治母亲病情的道具「生命神水」的素材,而投身于新的战斗之中。
在充满音乐风情的城市-加音町成长的青梅竹马北条响和南野奏,虽然升上国中后的二人个性总是不合,但却因着相同的兴趣“音乐”而有了连结。某天响与奏正巧在旧歌剧院撞见时,音乐王国“大调岛”的精灵-哈咪出现了,为了不让“小调岛”的敌人继续将传说的乐谱中“幸福的旋律”变成“不幸的旋律”音符,所以找寻能够以“高音谱记号”变身为光之美少女的响与奏。以二人合而为一的正义之心,一齐找寻飞散到人间的旋律音符,和小调岛的敌人来场音符抢夺战!