故事发生在盛唐时期，节度使霍正威（王伟 饰）奉命建造玉门关，急功近利的他竟然想到用男童和女童制成人桩巩固地基。霍正威的阴谋在无意之中被洪天佑（罗家英 饰）识破，再加上霍正威一直爱慕着洪天佑的妻子阮素竹（汪明荃 饰），于是设计暗算洪天佑导致他被判处了死刑，阮素竹留下了一儿一女月影（卢敏仪 饰）和逸飞（关礼杰 饰）后也跳楼自杀。 孤苦无依的两兄妹分别被马贼薛百川和喇嘛寺普尺法王收留，一晃眼多年过去，两人均已长大成人。逸飞十分好奇自己的身世，在探查过去的过程中，邂逅了名为色兰（刘玉翠 饰）的妙龄少女，两人情愫渐生。
展瀚韬（马德钟 饰）是飞虎队的指挥官，在他的带领下，飞虎队一众精明强干的队员们屡创佳绩。随着时间的推移，俞学礼（罗仲谦 饰）和庄卓源（梁烈唯 饰）等队员门熬出了头，升级成为师兄，肩负着教导后辈为他们做榜样的重任。 巾帼不让须眉的女队员苏文强（黄智雯 饰）实力十分强悍，令人刮目相看。在一次行动中，凶恶的绑匪挟持了人质，令飞虎队员们没有想到的是，绑匪提出了一个奇怪的要求——见一位名叫钟韦恩（钟嘉欣 饰）的情报科女探员。然而，令众人头痛的是，钟韦恩失踪多时，没有人知道她的下落，气氛一下子变得紧张起来。好在钟韦恩及时出现，解救人质的行动最终以成功告终。
明朝末年，武当派数位高手相继遇害。时隔多年，凶手仍然是个谜。当昔日遗孤——当俗家弟子耿玉京已长成翩翩少年时，与前来比武的东方亮不打不相识，成为了无话不谈的挚友。倏忽间，风云再起，先是泰昌帝服用武当红丸后暴毙，后是新任武当掌门又对耿玉京步步相逼。无奈之下，耿玉京离开了武当山，在“独行大盗”郑铁岗和其孙女郑巧儿的帮助下，秘密追查当年父母遇害的真相……在追查事情的过程中，他又先后遇到了少林僧人慧可、断魂谷谷主卢象升、昆仑西门燕等武林人士，最后还与辽东的努尔哈赤成为了忘年之交。当调查逐渐有了指向，昔年隐藏的真相逐渐显露端倪时，耿玉京终于发现了努尔哈赤鲸吞中原的野心，而自己的父母当初便是因此而被害。带着国仇和家恨，耿玉京、东方亮一行回到了武当，自此埋藏多年的谜案终于揭晓，内奸也受到了应有的惩罚。
