在封印的都市中被废弃的天象馆，误入其中的男人所见到的机器人少女，那是被繁星所引导的奇迹的物语。 那是世界大战之后不再降雨的世界。受到细菌武器的影响，而被人们抛弃了的最危险的城市【封印都市】。在某个百货商场的天文馆中，有一个机器人少女。她的名字是“星野梦美”。她是天文馆的 解说员，1年之中只有7日运行的损坏的机器人。就这样，少女在这30年间始终相信着会有某个人到访天文馆，一个人在这个没有其他人的世界等待着。然后，在第三十个年头醒来的那天，她的面前出现了一个男人。
元军攻打日本之际，中国大陆的妖怪为了得到死者魂魄亦东渡日本。在这里，他们遭遇了犬夜叉的父亲斗牙王。经过一番艰苦鏖战，大陆妖怪最终被封印在斗牙王的牙齿中。 时间回到战国时代，四魂之玉的一枚碎片飞到不归之森，唤醒了大陆妖怪首领之子玛瑙丸。为了解开被斗牙王牙齿所封印的力量，玛瑙丸派随从琉璃、玻璃将犬夜叉一行人引到不归之森，并诱使犬夜叉用铁碎牙斩断结界。结界消失，被封印上百年的力量开始复活，玛瑙丸变得愈加强大。与此同时，玻璃和琉璃分别夺去了珊瑚的云母和法师的风穴，使犬夜叉一方陷入苦战；另一方面，戈薇的意识被玛瑙丸控制，她迫不得已用箭再次将犬夜叉封印，之后更被桔梗推入枯井，穿越时空回到了现代……
