在本季《超级飞侠》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
经过艰苦鏖战，星矢、紫龙等人终于打败包括三巨头在内的108冥斗士，凭借12黄金圣斗士的力量和沾染女神献血复活的圣衣的加护，星矢等人最终冲过叹息之墙和异次元空间，一辉也在潘多拉的帮助下随后抵达冥王哈迪斯盘踞的所在——极乐净土。 这是一片至高无上的天堂，没有饥饿、战争和痛苦，只有死后被神选中的人才能达到这里。他们的到来惊动了守护哈迪斯的两位神明——死神达拿都斯和睡神休普诺斯。他们的神力极为强大，纵使曾无数次保护过青铜圣斗士的黄金圣衣在他们的面前也薄如脆纸。绝望之际，圣衣的力量再次苏醒，进化成只有神灵才能拥有的神圣衣。神与神的战争再次升级，人类的命运将会如何？
在“TokyoExplosion”的未知灾难背后，有一名暗中活跃的契约者——代号“黑”，被称为黑色死神的男人。制造了与“组织”敌对的事件，黑和他的同伴，身为DOLL的银一起踏上了逃亡之路。他们一边击退组织派来的刺客，一边向南方前进。在漫无尽头孤独的逃亡旅程中，两人可以信赖依靠的，只剩下彼此而已…… 夏日的阳光下，黑和银寻得了片刻的休憩。但是，幸福的时间并未长久，深重冷酷的黑暗已悄悄迫近。本是失去自我的DOLL的银在与黑共处的日子里，渐渐开始表现出自己独立的意志。对银的变化感到困惑焦躁的黑，却并不明白这意味着怎样的事实 对于发生着变化的自己，银也非常苦恼。想和黑在一起，但是这样下去的话……以银为目标的狙击者出现，新的斗争也被点燃。命运的选择再次降临到黑的头上。几乎把两人之间的羁绊撕裂的悲剧的序幕，正悄无声息的开始上演……
