某天，草帽海贼团的诸位拾到一个漂流瓶。根据漂流瓶中的信息，在伟大航路上有一个娱乐至上的狂欢岛，靓女、美酒、佳肴应有尽有，是一个海贼中的海贼最值得去的地方。众人几乎未作过多迟疑，扬帆便向狂欢岛挺进。然而到达目的地才发现，这却是一个渺无人烟的荒凉小岛。当然好戏还在后头，他们很快便发现一个超级华丽的乐园。乐园的主人狂欢男爵承诺赐予众人天堂般的享受与欢乐，不过在此之前，他们还必须经过地狱般的试炼。已被“勇猛海贼”虚名冲昏头脑的路飞不顾众人阻拦，带着大家开始了一场莫名其妙的探险之中……
　　本片根据日本漫画家尾田荣一郎的同名原著改编，是2005年上映的第六部动画剧场版。

　　女子高中生音无小夜（喜多村英梨 配音）有一个幸福的家庭和一群善良的朋友，虽然丧失了一年之前的全部记忆，但这并不妨害她享受眼前的快乐时光。在这个世界中，出现了一种名叫“翼手”的怪物，它们拥有永恒的生命，以鲜血为食，现在，这些怪物的存在逐渐威胁到了人类的安全。表面上来看，小 夜和这些可怕的怪物似乎一辈子都不会有所交集，但在2005年的这一天，当那个漆黑的不详男子出现在小夜的面前时，一切都改变了。男子名叫哈吉（小西克辛 配音），他的到来不仅改变了小夜的命运，也唤起了小夜丢失已久的回忆。
　　为了保护世界和所爱的人，小夜拿起了武器，在哈吉的帮助下开始了同翼手的战斗。

　　河野贵明（福山润 配音）是一个性格非常内向的男孩。由于父亲工作的缘故，他和贵明的母亲双双前往海外，只留下贵明一个人看家。贵明患有恐女症，在女生面前会陷入恐慌之中无法动弹，因此，贵明的父亲将他托付给了隔壁的青梅竹马柚原木实（落合祐里香 配音）照顾。
　　虽然贵明害怕女生，但他的女人缘却好的吓人。像个大大咧咧的向坂环（伊藤静 配音）、行踪神秘的女孩草壁优季（佐藤利奈 配音）、个性文静内向的图书管理员小牧爱佳（力丸乃梨子 配音）和自称是外星人的古怪少女美空（夏树莉绪 配音），贵明会和这些女孩们碰撞出怎样精彩的故事呢？

故事叙述了娜娜做家务做不好，到她厌烦做家务事，中间发生了一些事，从这些事情后，让她改变了对家务事的看法，同时也改变了对妮悠的看法。穿插讲述了Lucy和绘画少女的故事，让Lucy如何被抓以及坏掉的原因得以真相大白。                        

　　在19世纪的英国，门当户对被看做是男女婚姻的首要条件，超越门第的爱恋是绝对不被看好和允许的，我们的故事就发生在这样一个顽固守旧的环境之中。虽然只是身份卑微的女佣，可是艾玛（冬马由美 配音）以其高洁的品行和勤劳的个性成为了家庭教师凯利夫人（中西妙子 配音）的得力助手。这一天，艾玛遇见了她命中注定的爱人——个性沉默内敛但又有主见的威廉琼斯（川岛得爱 配音）。
　　艾玛和威廉的一见钟情遭到了众多家属的反对，他们认为威廉应给娶更加能配得上他的艾蕾诺（小林沙苗 配音）为妻，但同时，也有挚友们在用行动默默的支持着两人的自由恋爱。最终，这段久经波折的感情终于修成了正果。

　　自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。
　　到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。
　　另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……