故事叙述了娜娜做家务做不好，到她厌烦做家务事，中间发生了一些事，从这些事情后，让她改变了对家务事的看法，同时也改变了对妮悠的看法。穿插讲述了Lucy和绘画少女的故事，让Lucy如何被抓以及坏掉的原因得以真相大白。                        

　　自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。
　　到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。
　　另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……

　　即将开始大学生活的森里萤一面对现实总是很无奈。不仅没有女人缘，根本就是“扫帚星附体”一般的接连遭遇倒霉的事情。
　　一天，大学前辈外出，萤一独自一人在宿舍看家。这时突然想起要打一通电话，但拨通电话后，却听到这样奇怪的话语：“这里是女神事务所，你有什么愿望我可以帮你实现。”
　　在萤一还不了解现状的情况下，女神贝璐丹蒂已经出现在萤一的宿舍！不知所措的萤一胡乱说出“我希望你这样的女神能够陪在我的身边”这样的愿望，不想这样的愿望也被女神事务所接受！
　　就这样，不喑世事的贝璐丹蒂与森里萤一的同居生活开始了。他们能获得幸福吗？
　　根据藤岛康介同名漫画改编的TV版动画第1季。

　　故事发生在风景如画的北海道小樽市，性格胆小懦弱的千濑（折笠富美子 配音）喜欢上了稳重可靠的修次（石母田史朗 配音），鼓起勇气告白之后，两人走到了一起，并且开始交换日记。
　　某日，神秘的敌人出现在了札幌市，紧接着到来的是猛烈的攻击，从空袭之中侥幸逃脱的修次看到空中漂浮着少女的身影，她有着钢铁的翅膀和巨大的机械手臂，正在和敌人进行着殊死战斗，令修次怎么也无法相信的是，这名少女正是千濑。原来，千濑被日本军方改造成为了强大的人体兵器，用来和敌人作战，而随着身体的不断改造和能力的不断增强，千濑的精神和肉体都来到了崩溃的边缘。