浩瀚世界的某个神秘角落，残存着深不见底的巨大洞穴。据说里面藏着各种怪物和宝物，每深入一层，所知所见便愈加稀有。正因为这无穷无尽的魅力，吸引着为数众多的“探窟家”冒着被诅咒的危险前往深渊。级别最低的红笛莉可（富田美忧 配音）生活在一个孤儿院中，而孤儿院则培养他们探索深渊的各种技能，并把带回来的宝物上交。这一天，莉可在深渊意外发现一个高度方针的机器人，随后将其带回孤儿院，并起名雷古（伊濑茉莉也 配音）。有意思的是，雷古对自己机器人的身份倍感困惑，更对身世一无所知。为了探寻雷古的身份，并且寻找贵为白笛的母亲的下落，莉可一行朝着深渊深处进发……
　　本片根据日本漫画家土笔章人创作的漫画作品改编。

自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。                                                                      　　其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。

　　世界观
　　故事发生在时间和地点皆无法判明的超未来。
　　世界由高度发达的网络（软件）和作为其现实载体的超构造体（硬件）所构成。本该是得益于科技繁荣发展的人类却由于一场灾难丧失了连接网络的资格和能力（相当于公民权）。
　　没有了支配者的AI依据管理规定开始排斥失去了网络连接资格的人类。而忘却了曾经的繁荣的人们，只能在管理系统的阴影下苟且偷生。本作的舞台就被设定在这样一个人类日渐衰亡的世界。
　　都市构造体
　　作为舞台的世界就像一个巨大的高楼或者说是连接了所有建筑的巨大都市。大部分为超构造体所遮蔽，形成了阶梯结构。由于建设者的失控，都市构造体正在无止境地扩大之中，就本作故事发生的时间为止至少已抵达木星轨道面。根据统治局描述，正是都市的这样漫无目的地成长从根本上导致了波及全世界的混乱。其结果毋庸置疑的人口密度极度下降。
　　环境
　　就都市构造体所涉及的范畴由于其间散布的纳米机器人的作用保证了生物学上的病毒的排除实现了无菌状态。而这一成果则是由曾经机能正常运转时候的网络球给予统治局的指示所实现的。同一作者的《BIOMEGA》和《DEADHEADS》作品主体中的由于强力病毒引发的传染病在本作中原则上是不可能发生的。从这些设定中可以推断作为网络終端遗传因子的变异原因的“感染”不等同于其字面上的感染，很有可能是由于系统逻辑上的分歧所引起的。
　　故事大纲
　　探索者雾亥流浪在数千层无边无际的巨大阶梯都市之中。手持可以贯穿一切物质的重力子放射线射出装置追寻着网络終端遗传因子。

期望不受束缚自由自在生活的遥，与最好的伙伴们迎来高中最后的夏天。因为看不到毕业后的将来而感到迷茫，无法集中精神，继而与担心他的真琴等人争吵起来。和这群无可取代的同伴们有着深厚牵绊的遥，想去的未来究竟在哪里呢？

　　京都下鸭神社，居住于纠之森的下鸭家。继承了过去曾为狸猫界头领的亡父·总一郎的血脉的四兄弟，围绕着热爱宝冢的母亲，一直过着自己快乐的日子。
　　以继承了总一郎浓厚“傻瓜的血脉”的三男·矢三郎为中心，众人迎来了狂乱的一夜。自那一天，下一任“伪右卫门”的选举，叔父·夷川早云的策略，还有与“星期五俱乐部”之间发生的事，全都随着一阵风就这样在京都的夜空中远去，季节变换，洛中到了清香飘溢的新叶之季。毛球们毫不在意屁股的寒冷，开始蠢蠢欲动。
　　被天狗诱拐而获得神通力的人类美女·弁天离开了京都，苦恋着得意门生弁天并一直隐居着的大天狗·赤玉老师如意岳药师坊一边散发着寂寞与不快，一边仍旧每天在其破旧公寓中从不叠好的被褥上喝着赤玉红葡萄酒。
　　就在这个时候，赤玉老师的儿子，即在壮烈的父子吵架的最后因败北而离开的“二代目”，成为了英国绅士后，时隔百年终于归国。大惊失色。惊天动地。大吃一惊。这一震动天狗界以及狸猫界的大消息瞬间扩散到洛中内外。
　　以京都小镇为舞台，搅动人与狸猫以及天狗的想法的毛球绘卷第二集，终于开幕！