故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。
　　在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了，
　　小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了!
　　在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。

　　他们拥有梦想。
　　总有一天，飞向广阔天空的梦想。
　　知晓被玻璃遮盖的这片天空有多么遥远。
　　遥远的未来。
　　人类在荒废的大地上建设了移动要塞都市“种植园”，并讴歌着文明。
　　在那当中建造的驾驶员居住设施“米斯特汀”，通称“鸟笼”。
　　孩子们就住在那里。
　　对外面的世界一无所知。
　　对自由的天空一无所知。
　　他们被告知的使命，只有战斗而已。
　　敌人是一切都被谜团覆盖的巨大生命体“叫龙”。
　　为了对抗尚未见过的敌人，孩子们乘上被称为“FRANXX”的机器人。
　　他们坚信，乘坐其中，就是对自己存在的证明。
　　有一位曾被称作神童的少年。
　　代号016。名字是广。
　　但他现在却跌落谷底。
　　是不被人需要的存在。
　　如果没有乘上FRANXX，就如同不存在一样。
　　在这样的广面前，某天，一位被称作02的神秘少女出现了。
　　她的额头，长着两根艳丽的角。
　　“——找到了哦，我的DARLING”

　　位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。
　　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。
　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。
　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
　　科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

故事发生在一所初中内，西片（梶裕贵 配音）是一名平凡得不能再平凡的初中男生，性格和成绩都毫无亮点，唯一的过人之处，大概就是脾气要比一般人好得多。高木同学（高桥李依 配音）就坐在西片的旁边，让西片感到困扰的是，个性活泼开朗的高木同学，似乎总喜欢捉弄自己，并且乐在其中。                                                                      　　随 着时间的推移，西片决定不再默默忍受高木的捉弄，他要进行反击，要让高木也尝一尝被捉弄后害羞的滋味。然而，西片的捉弄计划却往往以失败告终，无论是谁捉弄谁，最后羞红了脸的永远都是西片。青涩的校园之中，充满了欢笑与希望的日常日复一日的展开着。

　　天野灯偶然得到一位名叫苏菲·托莱特的吸血鬼女孩的帮助，
　　并对她一见钟情。
　　灯不请自来地来到她家，半强迫地开始了同居。
　　苏菲虽是吸血鬼，却从不袭击人类，
　　而是通过订购获得血液以及爱好的动画周边，过着这种现代的平民生活。
　　这是一部与当下的吸血鬼美眉共度的同居喜剧。

　　在一次机缘巧合之下，和妹妹天奈（三泽纱千香 配音） 相依为命的杰（铃木达央 配音）穿越到了100年后的世界，杰震惊的发现，100后的他们曾经的宅邸，变成了一所学校。就这样，杰隐姓埋名改名为神宫司高马，开始在学校中一边学习，一边寻找回到过去世界的方法。                                    
                               　　在学校里，杰很快就结识了一帮好友。以自我为中心，谁也不放在眼里的大少爷藤代悠希（KENN 配音）、拥有可爱外表，并常常利用自己的可爱来操纵他人的青叶萤（永冢拓马 配音）、智商和人气都很高，但始终不会以真心待人的绯樱春人（丰永利行 配音）、拥有着和福尔摩斯一样的好奇心的茶野京一（小林千晃 配音）。